سرورها و وب سایت‌های میزبانی شده در داخل ایران
نگرانی جدی دیگری که در زمینه امنیت کاربران این شبکه وجود دارد، انتقال سرورها و میزبانی سایت‌های ایرانی به داخل خاک ایران است. این اقدام به عنوان یکی از اهداف عمده شبکه ملی اطلاعات عنوان شده است.
نصرالله جهانگرد معاون وزیر ارتباطات و فن آور اطلاعات یکی از دلایل این سیاست را کاهش قیمت اینترنت عنوان کرد و به روزنامه جهان اقتصاد گفت: «از نظر اقتصادی نیز انتقال این حجم ترافیک دیتا به داخل کشور و نیز انتقال میزبانی سایت‌ها به داخل، کاهش قیمت شبکه انتقال را به همراه خواهد داشت و کاربر می‌تواند برای مثال یک فیلم و یا یک فایل را سریع‌تر، با کیفیت بهتر و قیمت ارزان‌تر در اختیار گیرد.»
وجود میزبانی سایت‌های ایرانی در داخل خاک ایران این خطر را در پی دارد که مقامات امنیتی و قضایی در هر زمانی که اراده کنند می‌توانند بدون طی کردن مراحل قضایی به محتوای این سایت‌ها و حساب‌های کاربری کاربران آنها دسترسی داشته باشند. این نگرانی زمانی که کاربران از سرویس‌های شبکه ملی مانند ایمیل و یا میزبانی وب سایت‌ها استفاده کنند بیشتر خواهد بود.
به عنوان نمونه اگر کاربری از نسخه ایرانی یک میل سرور مانند چاپار که به عنوان ایمیل ملی معرفی شده بود، به جای جی‌میل استفاده کند، به دلیل آنکه تمام اطلاعات کاربران چاپار در داخل ایران ذخیره می‌شود، در هر زمانی که مقامات امنیتی اراده کنند می‌توانند تمام محتوای ایمیل‌های کاربران را دریافت و از آنها برای تحت فشار قرار دادن منتقدان و یا دیگر استفاده‌های سیاسی، بهره بگیرد.
خطر دیگری که انتقال میزبانی به داخل کشور سایت‌های را تهدید می‌کند بر روی سایت‌های خبری و وبلاگ‌نویسان متمرکز است. وجود میزبانی سایت‌های خبری در داخل ایران این خطر را دارد که در صورت انتشار مقالاتی که باب میل نهاد‌های امنیتی و یا افراد صاحب نفوذ در این نهاد‌ها نباشد، این سایت‌ها در خطر حذف و ازبین رفتن تمام اطلاعاتشان قرار گیرند.
به عنوان نمونه سایت معماری نیوز پس از آنکه اسنادی را در مورد فساد در شهرداری تهران منتشر کرد بدون آنکه فیلتر شود به دستور دبیرخانه کارگروه تعیین مصادیق محتوای مجرمانه و تنها با ارسال یک ایمیل به مدیرعامل شرکت شاتل که شرکت میزبان سرور معماری نیوز است، همه محتوای این سایت از اینترنت حذف شد. حذف محتوای اینترنتی کاری بسیار کم سابقه در ایران است و این مورد اولین نمونه از این کار پس از راه اندازی شبکه ملی اطلاعات به حساب می‌آید.
عدم احساس امنیت از وضعیت وب‌سایت‌های اینترنتی باعث شده است که مدیران این وب‌سایت‌ها و حتی مدیران شرکت‌های میزبان وب علاقه‌مند باشند تا محتوای خود را در جایی خارج از ایران ذخیره کنند. محمود واعظی در اسفند ۱۳۹۴ در نشست بررسی مشکلات و چالش‌های OTT و شبکه‌های اجتماعی داخلی با تایید این موضوع گفت که مدیران شرکت‌ها به طور خصوصی به او گفته‌اند «بسیاری از ایرانی‌ها ترجیح دهند سرورشان در خارج از کشور مدیریت شود. چرا که در صورت فیلتر شدن مشتریان خارجی خود را از دست نخواهند داد.»
