با دفاع صریح از ابراهیم رئیسی، علی خامنه‌ای نیز به شمار مدافعان اعدام هزاران زندانی سیاسی در دهه شصت پیوست
پس از سالها سکوت درباره یکی از گسترده‌ترین کشتارهای انجام شده بعد از انقلاب اسلامی، آیت‌الله علی خامنه‌ای، رهبر ایران روز ۱۴ خرداد ماه در یک سخنرانی با دفاع از اعدام‌های دهه شصت و انتقاد از کسانی که در جریان انتخابات ریاست جمهوری بر علیه اعدام‌ها و عملکرد ابراهیم رئیسی موضع گرفتند، گفت: «دهه شصت یک دهه مظلوم و در عین حال بسیار مهم و سرنوشت ساز در تاریخ انقلاب اسلامی است که متاسفانه ناشناخته مانده و اخیرا هم به وسیله برخی بلندگوها و صاحبان آن‌ها مورد تهاجم قرار گرفته است.»
رهبر ایران دهه شصت را که در طول آن هزاران شهروند اعدام شدند، «دهه مظلوم و سرنوشت ساز» معرفی کرد. او در سخنرانی خود در سالگرد مرگ آیت‌الله خمینی، بنیان گذار جمهوری اسلامی در ایران روز ۱۴ خرداد ماه گفت: «دهه شصت، دهه افتخارات بزرگ است، دهه مبارزه با تجزیه طلبی است.» اشاره غیر مستقیم رهبری به «برخی بلندگوها و صاحبان آن‌ها» حسن روحانی، رییس جمهور ایران است که در تاریخ ۱۸ اردبیهشت ماه غیرمستقیم به ابراهیم رئیسی رقیب خود تاخت و برای اولین بار گفت: «مردم به آنهایی که فقط زندان و اعدام بلدند» رای نخواهند داد.
خامنه ای با تهدید غیر مستقیم منتقدان اعدام‌های دهه شصت گفت: «مراقب باشیم تا در دهه شصت، جای شهید و جلاد عوض نشود.» او با اظهار اینکه ملت ایران از اعدام‌ها راضی هستند، گفت: «به دلیل اینکه تروریست‌ها و منافقین و پشتیبانان آن‌ها به امام و ملت ایران ظلم و خباثت کردند، ملت در موضع دفاع قرار گرفت و در نهایت هم پیروز شد.»
سه روز قبل از صحبت های رهبر ایران، غلامعلی حداد عادل، عضو شورای مرکزی جبهه مردمی برای اولین بار پس از انتقادهای مفصل که از ابراهیم رئیسی در جریان انتخابات ریاست جمهوری شده بود با دفاع مستقیم از او و اعدام‌های دهه شصت گفت: «آیا باید گفت که مردم به کسی که حکم اعدام داده رای نمی‌دهند؟»
حداد عادل برای اولین بار پس از نقدهای گروه مخالف و مردمی با کاندیدا شدن ابراهیم رییسی برای ریاست جمهوری با اسم بردن از او به طور مستقیم گفت: «آقای رییسی برای هیچ کس حکم اعدام نداده اما اگر برای منافقین حکم صادر شده باید آن را منفی قلمداد کرد؟»
او حرف‌های حسن روحانی را «ساختار شکنانه» خواند و با تهدید حسن روحانی از رهبر ایران نقل قول آورد: «در میانه مناظرات رهبری فرمودند که کاندیداها گسل‌های امنیت ملی را تحریک نکنند.» او با انتقاد غیرمستقیم از اظهارات حسن روحانی در مناظرات انتخاباتیش بر علیه فعالیت‌های ابراهیم رییسی گفت: «بنده هیچ گاه در یاد ندارم که طرفین انتخابات در دوره های گذشته اینگونه نسبت به هم تهمت بزنند و عصبانی با هم برخورد کنند.» این صحبت‌ها در حال صورت می‌گیرد که هنوز چند روز بیش‌تر از انتخاب شدن حسن روحانی برای دور دوم ریاست جمهوری نگذشته است.
ابراهیم رئیسی، یکی از کاندیداهای ریاست جمهوری ۹۶ در دهه شصت معاون دادستان ایران و همچنین یکی از اعضای هیات مرگ بود که طبق فتوانی امام خمینی مامور اعدام صدها زندانی سیاسی بود. او که در حال حاضر تولیت آستان قدس رضوی را به عهده دارد که یکی از قدرتمندترین پایگاه های اقتصادی کشور به حساب می آید برای ریاست جمهوری ۹۶ ثبت نام کرد. پس از پذیرفتن شدن او در مبارزات انتخاباتی موج گسترده‌ای از سوی مردم، فعالان حقوق مدنی و سیاسی بر علیه او صورت گرفت که چگونه یک نفر که در راس اعدام‌های شهروندان ایرانی در دهه شصت بوده به عنوان کاندیدای ریاست جمهوری پذیرفته می‌شود.
حسن روحانی، رییس جمهور ایران به عنوان یکی از منتقدان این امر، در یکی از سخنرانی‌های خود در پیش از انتخابات در روز ۱۸ اردبیهشت ماه گفت: «مردم ایران اعلام می‌کنند آنهایی که در طول ۳۸ سال فقط اعدام و زندان بلد بودند را قبول ندارند.» اشاره حسن روحانی به رقیب خود ابراهیم رئیسی بود. این صحبت جسورانه او تیتر اول روزنامه‌ها و رسانه‌ها شد.
بسیاری از وکلا و فعالان حقوق بشر با انتقاد از کاندیدا شدن ابراهیم رئیسی به عنوان رییس جمهور گفتند تایید او از جانب نظام در واقع یک دهن کجی بزرگ به خانواده‌های قربانیان دهه ۶۰ و پخش فایل صوتی آیت الله منتظری است که فساد حکومتی و عدم توجه دولت به قضاوت را نشان می‌دهد. با این حال این اولین دهن کجی نظام به قربانیان دهه ۶۰ نبود، مصطفی پورمحمدی که در دهه شصت نماینده وزارت اطلاعات بوده و در اعدام ها نقش داشته در دولت گذشته حسن روحانی وزیر دادگستری شد و هنوز بر این سمت باقی است. حسن روحانی در مقابل اعتراض به انتصاب او به عنوان وزیر دادگستری سکوت کرد با این حال چهار سال بعد در مبارزات انتخاباتی از اعدام ها برای دفاع از کاندیداتوری خود استفاده کرد.
احمد منتظری فایل صوتی جلسه ۲۴ مرداد ۱۳۶۷ آیت الله حسینعلی منتظری، قائم مقام وقت آیت الله خمینی، با چند تن از مقامات عالی رتبه قضایی وامنیتی موسوم به «هیات مرگ» را نزدیک به سه دهه بعد در تاریخ ۱۹ مرداد ۱۳۹۵در کانال تلگرام رسمی او منتشر کرد که در آن آیت الله حسینعلی منتظری که در هنگام بیان آن سخنان قائم مقام رهبر جمهوری اسلامی بود گفته است: «بزرگترین جنایتی که در جمهوری اسلامی شده و تاریخ ما را محکوم می کند به دست شما انجام شده و شما را در آینده جزو جنایتکاران در تاریخ می نویسند.» در این جلسه به جز او حسینعلی نیری، مرتضی اشراقی، مصطفی پورمحمدی و ابراهیم رئیسی حضور داشتند. این چهار تن اعضای گروهی بودند که در مورد حیات و مرگ چندین هزار زندانی سیاسی در سال ۱۳۶۷ تصمیم گیری کردند. این فایل صوتی بعد از انتشار، با درخواست وزارت اطلاعات از سایت آیت الله منتظری حذف شد و احمد منتظری به دلیل انتشار آن در دادگاه ویژه روحانیت قم به ۲۱ سال حبس محکوم شد.
