آقای طاهری در تابستان ۱۳۹۳ مجددا به اتهام مفسد فی الارض که قبلا در پرونده اش بررسی شده بود، بازجویی شد. دادگاه او برای این اتهام در اسفند ماه ۱۳۹۳ برگزار شد و در نهایت در خرداد ماه ۱۳۹۴ به این اتهام «از طریق منحرف کردن افراد» به اعدام محکوم شد. وکلای او به این حکم اعتراض کردند و سعید خلیلی، یکی از وکلای آقای طاهری روز ۲۹ آذر ماه ۱۳۹۴ از نقض حکم اعدام موکلش در شعبه ۳۳ دیوان عالی کشور و ارسال آن به شعبه ۲۶ دادگاه انقلاب برای رسیدگی مجدد خبر داد. طبق گفته خواهر محمدعلی طاهری، مدتی بعد هم، شعبه ۲۶ دادگاه انقلاب حکم برائت آقای طاهری از اتهام فساد فی الارض را صادر کرد.
آذر دخت طاهری در گفتگویی با کمپین به تاریخ ۱۷ فروردین ماه ۱۳۹۵ اشاره کرد که جریمه نقدی ۹۰۰ میلیون تومانی کاملا پرداخت شده و آقای طاهری نیز بیش از دوران پنج ساله حکمش را در زندان گذرانده است. در حال حاضر نیز طبق گفته محمود علیزاده طباطبایی وکیل محمدعلی طاهری «برای دیگر اتهامات آقای طاهری قرار منع تعقیب صادر شده است.»